Στο Τμήμα Χημικών Μηχανικών λειτούργησε Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο “Χημική Μηχανική”, τα ακαδημαϊκά έτη 2015-2016 και 2016-2017 (δύο κύκλοι σπουδών) και οδήγησε στην απόκτηση Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (ΜΔΕ) 17 μεταπτυχιακούς φοιτητές.

Στόχος του Προγράμματος αποτέλεσε η επιστημονική εξειδίκευση στα πεδία ενασχόλησης των Χημικών Μηχανικών στη χημική και ενεργειακή βιομηχανία, στην πληροφορική, στην επιστήμη και τεχνολογία προηγμένων υλικών, στη μηχανική τροφίμων, στη βιοχημική μηχανική, βιοϊατρική μηχανική και βιοτεχνολογία, στην τεχνολογία αντιρρύπανσης και προστασίας περιβάλλοντος.